在危急的情况下，特勤局NERV的葛成美救出了真嗣，并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令：驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝，在看到严重受伤的替补司机Ayumi后，他决定遵守父亲的命令。就这样，从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。不断攻击的使徒、身份不明的Ayanami、来自德国的司机Soeru Mingrika Langley和14岁的男孩面临着远远超出他们自身能力的挑战。秀吉平静地观察着一切，一个名为“人类完成计划”的神秘计划正在按照他的计划实施。
某天，他突然被任命为24世纪的组织·时空管理局的队员，并得知了惊人的事实：实际上教科书上记载的历史全部都是虚假，在过去沉睡着比教科书更加有趣的真实历史“真历史”。比如，被称为绝世美女的埃及艳后实际上是名叫克莱夫和帕特拉的相声演员，正义的伙伴桃太郎实际上是比鬼还要像鬼的男人……时夫与队员可怜一同驱使着24台时间飞船前去探索真历史，这24台时间飞船能够通过变身或合体发挥出超常的力量。而阻挡在时夫等人面前的则是时间飞船系列中为人熟知的反派，这一作的反派名叫比玛乔、兹布亚基、铃木，是被世界最大的教科书公司“History Paradise”雇佣来守护遵循教科书的历史的。究竟即将揭晓的历史会是怎样的“真历史”呢？
谷宫奈奈香（由夏川Spine Vegetables配音）跟随父亲回到了他的家乡磁盘街，奈奈香在那里遇到了他以前的玩伴。性格内向、沉默寡言的细川博史（小松美加子配音）、活泼开朗的看板女孩小千原克纯（和村遥配音）、不屑的水坂由纪（丰崎爱生配音）和她的哥哥水坂加田（石川真司配音）。当失去的记忆再次被铭记，当告别的朋友团聚时，命运的齿轮开始转动。
