2005年,美国国家航空航天局发现了一颗类似地球的外星行星,并确定其上可能存在智慧生命。为了与外星智慧生物取得联系,美国国家航天局启动了“灯塔计划”,并在夏威夷发射了一个深空通信阵列基地,传输高功率信号进行探测。几年后,一艘外星飞船意外抵达。
世冈学院是一所以严格的纪律而闻名全国的学校,普通高中生青间裕二(小林裕介配音)即将在这里开始新的校园生活。一场事故使杉树卷入了一个名为“SOX”的邪恶恐怖组织的阴谋。该组织的领导人Ayanami Huacheng(石川静香配音)实际上是石冈学院学生会的副会长!在这些“恐怖分子”的影响下,日治的生活会发生什么翻天覆地的变化——早期二女儿(日井里美配音)不成熟的外表和成熟的内在美,以及拥有与她可爱的外表极不相称的腹黑的鬼鼓修复(Horie Yuyi配音)?