《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历,人类正式开始进出宇宙2世纪,但因为2次大型陨石的坠下,人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年,第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。
侠士朱忠(黄德斌饰演)在未婚妻刘思思的陪伴下环游世界,刘思思被指已结婚。他们两人路过一座古寺,在里面遇到了一位“灯草和尚”(成奎安饰演)——他能把自己的身体缩小到灯草大小。朱忠和他意见一致,两人立即成为了朋友。
其他爪子有面具杀手维加(特布饰演);美丽性感的毒片儿子Kontana(Josie Ho饰)。拜森的魔爪伸向了春丽的父亲(克里斯汀·克鲁克·克鲁克饰)。她的父亲在她面前被折磨致死,但她无能为力。她决定放弃优雅舒适的生活,向袁(罗宾寿饰)学习武术,希望有一天能成为街头战士,保护身边的每一个人。国际刑警组织查理(克里斯·克莱因饰)前往世界各地收集犯罪证据,并追查拜仁庞大的犯罪网络。此外,专门调查黑社会谋杀案的侦探Maya(Moon Bloodgood Moon Bloodbood饰)也提供了帮助。它们构成了牢不可破的正义之墙。美丽与丑陋、光明与黑暗、善良与邪恶之间的斗争即将展开