元军攻打日本之际,中国大陆的妖怪为了得到死者魂魄亦东渡日本。在这里,他们遭遇了犬夜叉的父亲斗牙王。经过一番艰苦鏖战,大陆妖怪最终被封印在斗牙王的牙齿中。 时间回到战国时代,四魂之玉的一枚碎片飞到不归之森,唤醒了大陆妖怪首领之子玛瑙丸。对于只搜查异常犯罪的明智感兴趣的小林,不顾朋友羽柴的反对,自愿成为其“助手”。在接连发生的奇怪事件当中,小林很快和明智展开了调查。