2013年，一名来台湾学习旅行的女高中生肖兴喜被一种名为“进化入侵者”的突然怪物袭击。当军队完全无用时，神秘人作为超国家机构“DOGOO”的代理人出现在他们面前，继承了“伟大的灵魂”，并利用这一权力与“E基因持有者”作战。工藤新一是中国著名的高中侦探。不幸的是，他在追捕一个黑衣犯罪团伙时被团伙成员发现。在被打晕后，他得到了一种神奇的药水，工藤新一又变成了一个孩子！新一找到了经常帮助他的阿里医生，医生为他量身定制了许多间谍武器。
