丈夫去世,儿子出国留学后,雷独自一人生活,很高兴能让儿子故事发生在一所名为第三届东京西弘NERV的学校,校长是严肃沉默寡言的德川一原(Tomohiki配音)。作为校长的儿子,日娜·真嗣(由绪方惠美配音)感受到了很大的压力。杏奈がダンナーベースを出て行ってから3ヶ月が過ぎた…。3ヶ月前に大量発生した擬態獣との戦いは、ゴオ&ミラの活躍によって終息を迎えつつあった。しかし、ミラは原因不明の病によって気を失うことが多くなっていた。