在阿罗拉区域,Kochi和Pikachu将遇到新的神奇宝贝,获得Z手环,并学习‘Z招式’。江户时代,乙松、勘八(安冈力也 饰)、弥助(川谷拓三 饰)三人因不同罪行被判死刑,临刑前为江户町长官内海孙兵卫(渡濑恒彦 饰)救下,令三人成为用暗杀等手段斩奸除恶的影十手。为求保命,三人应允,并被夺去声音。