《黑礁》第二季继承了第一季的故事内容,于2006年10月2日至12月18日在日本播出。
在汉江中发现了一具女性尸体。经过调查,警方发现她是一个名叫英爱(沈敏熙饰演)的年轻学生。有三个与英爱同龄的年轻人最有可能死于英爱之死。第一位是郑勋(崔胜贤饰演),他出生在一个破碎的家庭,尽管受到虐待,但仍然有着乐观开朗的性格。
一天,瑞德的老熟人利特(高尾乐器配音)突然来到瑞德的药店。事实证明,她从各种消息来源得知,瑞德就是当年失踪的吉迪恩。慢慢地,丽塔留在了药店,一边帮助她工作,一边开始与瑞德同居。之后,瑞德的妹妹鲁蒂(由大口直美配音)和瑞德的前战友阿兰德拉(由田雨弥配音)也出现在瑞德身边。