故事以女高中生进行登山活动为主题，讲述了喜欢室内活动并患有恐高症的主角葵，在重遇喜欢户外活动的青梅竹马朋友日向后，因希望能像儿时在山顶看日出，而再次进行登山活动。
故事发生在一年的战争期间，与第一代高达的故事相似。前往地球前线工作的年轻联邦军官斯洛·山田在一次偶然的交火中遇到了敌人，基因军的女飞行员艾娜·萨哈林。
他们一再战胜来自人类灵魂深处的“噩梦”，完全包围了他们最珍视的城市、家人和朋友。这一天，美丽的女孩小美彦（斋藤千和配音）作为转校生来到了小圆的班级。小圆和她的同学们意外地发现，小美也是其中一个神奇的女孩。之后，五个神奇的女孩一起努力解决了噩梦带来的危机。他们的友谊很深，相处得很好，但小美对周围不断的冲突感到不安。有一天，她让杏子和她去风间野探索真相，但他们两个费了很大的劲，无法离开南原。小美终于意识到，她和她的朋友们似乎被人锁在了女巫的王国里。无尽的轮回和欲望滋生的幻觉使年轻女孩陷入了无尽的混乱深渊
