本片根据IDEA FACTORY于08年9月发行的PS2女性向恋爱冒险游戏《薄樱鬼——新选组奇谭》改编。 动乱的幕末时期，雪村千鹤是在江户长大的兰学医者雪村纲道的女儿.父亲纲道原本应该是与女儿分开后在京都工作的。
某日，在同MU激烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中，在这里，绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”，并且成为了它的驾驶者。 在神秘女子的紫东遥（久川绫 配音）的带领下，绫人来到了防护壁之外，加入了TERRA，并且在那里遇见了名为如月久远（桑岛法子 配音）的女子。MU组织对TERRA发起了进攻，当TERRA的存亡陷入危机之中时，绫人再一次驾驶着Rahxephon，成为了这个组织的救世主。
