谁知当一切都按部就班进行之时,意外突然发生。与此同时,距离大使馆不远的一座摩天大楼内,日本首相遭到密码箱炸弹的暗杀,素子之前的上司陆军501机关的机关长库露兹(浅野麻由美 饰)也在爆炸中丧生。经过缜密追查,素子等人发现一种能够篡改记忆的病毒正在网络蔓延,而她的身世居然和一连串的事件有着密切联系。危机当前,阴谋悄然复出水面…… 本片根据士郎正宗的同名原作改编,系《攻壳机动队》诞生25周年纪念作品。
这一天,一个女孩拿着一把太刀剪刀出现在本能性格学校的门口。她的名字叫诺六子(小泉雅美配音),她来到这个危险的地方是为了调查杀害她父亲的真凶。没想到,在她抵达后不久,就遭到了德川家康(德川稻田配音)、杉山漩涡(Keiyama Xiu配音)等学生会四大天王的阻挠。关键时刻,菊六子竟然收到了父亲亲手制作的黑色神衣,战斗力大增。本能性格学院展开了一系列激烈的战斗
鈴木央のマンガをもとに、7人の大罪人により結成された“七つの大罪”が世界の危機に立ち向かう姿を描く本シリーズ。劇場版第1弾と同じく、鈴木による完全新作オリジナルストーリーをアニメ化した本作では、テレビアニメから続く“最終章のその先”が描かれる。