故事告诉男主角小山武史进入前女子学校Dairi school的故事。在学校的这个女性花园里，小山武正在等待能干的青梅竹马兼学生会副会长、女主人公谷加秋拉、骄傲的小姐神木玲和非常可爱的未婚妻千叶瑞穗。
然而，医生仍然无法接受失去孩子的痛苦，也无法正确治疗阿童木，因为他认为阿童木不是人而抛弃了他。阿童木成了一个无家可归的流浪者，也被各地的军队通缉，最终被抓获。军方要求天马博士去除阿童木的能量，并将其转化为军用机器人的能源。在最后一刻，天马医生突然醒来，协助阿童木逃跑。面对军方的追击和拦截，阿童木奋起反抗，最终，一场惊天动地的战争迫在眉睫。在不断旅行的过程中，阿童木逐渐长大，他也接受了自己将机械与人类结合的设计，肩负起了全人类生存的责任。
广受欢迎的参与偶像项目“锐舞前夜！”的电影版动画，负责监督动画第一阶段和第二阶段的kyogoku Naohiko拿起了扩音器。
