根据梅尔文在监狱留下的蛛丝马迹，兄弟二人前往西方的大国古雷达调查。在这里他们的火车遭到神秘黑蝙蝠的袭击，同时也遇到了梅尔文寻找的少女茱莉亚・克莱顿（坂本真绫 饰）。一番混乱之后，他们相继来到位于地下的贫困之镇米洛斯。米洛斯是大国夹缝中的牺牲品，而她的人民也决定利用圣星的利用重新复兴祖国与民族…… 本片根据荒川弘的漫画原著改编。
故事发生在箱庭学园，黑神目泷（丰崎爱生 配音）是学园一年级的新生，作为学校里的学生会长，黑神拥有完美的外表，优异的成绩，强健的身体和丰厚的家底，如此完美的女神，在生机勃勃的校园里会遇见怎样有趣的故事呢？ 人吉善吉（小野友树 配音）是黑神的青梅竹马，两人从小玩到大，彼此之间感情十分要好。作为支持率百分之九十八的学生会长，黑神联手人吉善吉设置了“意见箱”，同好友阿久根高贵（浪川大辅 配音）、喜界岛枫夏（芽野爱衣 配音）等人一起，解决校园中的各类疑难杂症。然而，随着黑神的势力越来越大，一些不友好的声音随之而来。
