Elia是一个在穗群小学学习的普通女孩。有一天,她被万花筒魔杖的人造自然精灵“魔法红宝石”强迫签订了一份合同,成为了“魔法女孩伊利亚”。在万花筒杖前持有者Rin Kisaka的指挥下,她被迫帮助取回班级卡片本作是为了纪念在1996年起开始的《游戏王》系列漫画连载二十周年所推出的动画电影。 在跨越无数的试练后,武藤游戏与身体内的另一人格“暗游戏”进行最终决战并获胜,在作出正式诀别后踏上各自的旅途。 在经历一段时间后,游戏等人重新回归平凡的生活。