故事发生在名为“昊陵学园”的武术训练学校之中。拥有悲惨过去的九重透流（松冈祯丞 配音）带着满心的愤怒和抱负来到此处就读，希望能够在这里磨练技艺，变得强大替死去的妹妹报仇。
李·霍洛威（玛吉·吉伦哈尔饰演）生活在一个不和谐的家庭中，从小就从事“自我毁灭”的行为。在精神病中心接受了一段时间的治疗并回家后，她需要重新融入正常生活。因此，她学习了打字，并在一家律师事务所找到了一份打字员的工作。
某日，双叶幼稚园的孩子们正在船屋里愉快的玩耍，一位名叫美色（三石琴乃 配音）的神秘人物忽然现身，紧接着，一艘巨大的飞船将船屋整个抓了起来，来不及逃跑的风间（真柴摩利 配音）和小新（矢岛晶子 配音）等人和飞船一起消失在了空中。
