之后,光明寺博士莫名其妙地死于一场事故,留下了目前正在上大学的女儿Mizu(川川爱美饰演)和未成年的儿子Komori(池田裕多饰演)。一天晚上,这对兄弟姐妹被一群身份不明的人绑架了。在一次危机中,一个神秘的人来帮助他们。后来,这名男子出人意料地以战斗机器人的身份出现了。他就是光明寺博士生前专门安装了良心电路的智能机器人次郎(井上圣一饰演)。光明寺兄弟姐妹的命运因此与次郎交织在一起,一场更大的危机和阴谋正在向他们逼近
作为庆祝“宠物精灵”系列25周年的纪念活动之一,神奇宝贝公司将于2021 9月9日起推出一系列新的动画作品“宠物精灵的进化”。故事舞台将横跨神奇宝贝世界的八个已知区域,讲述八名玩家的故事,他们熟悉不同信仰和欲望的人。