U.在C.0097年期间，“拉普拉斯事件”的争端结束后，戈达德号这两只独角兽被秘密封存，新义勇残余党的“臂章”也随之解体。就在人类逐渐走出战争阴影之际，失踪两年的独角兽3“凤凰”突然出现了。故事发生在“比岛”的高架世界，这是一个位于日本群岛西南部的岛屿，被一个财团改造成了一个宏伟壮观的白金笼子。这部作品的主人公是濑户仓也（由私人市场春配音），他在一个旧住宅区的“普通”商店工作。
