一间平凡无奇的咖啡店，老板在打烊后回到二楼的住所，放松之际，突然被电脑萤幕中的自己给叫住，对方声称是来自两分钟后的自己。原来他的咖啡店和住所之间有两分钟的“时差”。
在一个炎热的夏日，一对夫妇在东京八王子郊区的一个社区被残忍杀害。之后，凶手用鲜血在墙上写下了“愤怒”的大字，然后逃离，消失了一年。在此期间，三名身份不明的男子与周围的人会面。
银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。
