故事发生在东京。随着世界上最大的体育赛事WSG即将举行,知名公司的高级官员在赞助商的鸡尾酒会上接连被绑架,从新名古屋站到东京最高时速1000公里的真空超导磁悬浮列车也卷入其中。一个引起国际关注的重大案件正在展开。
故事描述女主角小樱(木之本樱)与男朋友小狼(李小狼)和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。 在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了,一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了, 小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了! 在与知世、小狼和艾力欧的讨论下,小樱重新踏上了收集透明牌的故事。