影片以一个悬念结尾：尼奥到底是谁？他为什么有这样的能力？他与机器世界的关系是什么？所有这些都将在《黑客帝国革命》的下一期中揭晓。
“创造者”（Helmut Bakatis饰演）是一个无情的程序，负责维护“矩阵”的平衡和稳定。他告诉尼奥，这一切都是他设计的循环，每隔一段时间，“矩阵”就会出现错误（意味着有人会醒来），所以他等待他们醒来，组成一支抵抗军。机器人每隔一段时间就会进行一次彻底的清洁，消灭叛军，然后重新启动“母亲”。这种清洁已经做了五次了，这是第六次了。尼奥只是一系列“救世主”的最新版本，他的命运是选择一个人来重建锡安基地，或者让人类灭绝。
影片开始时，尼奥（基努·里维斯饰演）做了一场噩梦，梦见特里尼蒂（凯莉·安·莫斯饰演）在《黑客帝国》中被一名特工杀害。尼奥醒来后发现，他和特里尼蒂、梅菲斯（劳伦斯·费什伯恩饰演）等人回到了人类最后的堡垒——锡安基地，受到了人们的热烈欢迎和钦佩。然而，他们也了解到了一个惊人的消息：机器世界已经派出25000个电子炮袭击锡安基地，只剩下72小时了。
尼奥和特勤局的史密斯展开了一场突破性的战斗。虽然尼奥占据了上风，但他无法完全消灭特勤局的史密斯。最终，尼奥成功找到了崔妮蒂，并用自己的力量让她复活。他们都活了下来，回到了现实世界。然而，他们发现了一个更惊人的事实：尼奥实际上可以在现实世界中的“矩阵”中使用他的能力，他可以用他的头脑控制和摧毁机器。
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