从那时起,五年过去了。亚马逊几乎被驱逐,世界正在走向和平。然而,感染亚马逊细胞的普通人的亚马逊化现象继续扩大,政府成立了一个新的4C组织,秘密驱逐亚马逊化的人类。其中,童年时被亚马逊抚养长大并变身为假面骑士的年轻人亚马逊·尼奥对抗亚马逊。生活变得不可预测,他们在日本的日子似乎屈指可数,而与东京少年聪太相遇后,萨莉娅在身份认同上产生了矛盾,她的成长故事也因此展开。