你杀了它吗？面对Gaga Valley的询问，狱中的上野透露了他尊敬的老师神秘人物“M”的存在。不久后，Gaga Valley得知她的爱人松田美奈利（穿着白色石麻）被一名神秘男子盯上，做出了痛苦的选择。因此，她决定委托浦野协助调查
田口春雄（佐野周二 饰）虽然在战争中失去了双眼，但依然保持着对音乐的热爱，他正在创作一首名为《故乡》的歌曲，每天，春雄都会在妻子的陪伴下来到学校的音乐室弹琴。校长被春雄的音乐所打动了，决定在校运会上让春雄演奏他的歌，而阿金和玛雅也准备参加校运会的表演。谁也不知道的是，阿金和玛雅的真实身份，是两位脱衣物女郎，那么，她们会表演什么节目呢？
故事内容延续第一部TV版攻壳机动队STAND ALONE COMPLEX的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系，可以看做是两个平行世界里发生的事情。 这次TV版第2季的制作班底与第一部相同，同时剧情表达上和第一季一样，每话由不同故事构成，各自独立成章，却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力，不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。
