ユーロ・ブリタニアとユーロピア共和国連合(E.U.)の戦争は大きな転機を迎えようとしていた--。E.U.を混乱に陥れたテロリスト「方舟の船団」。
當未確認生命體再次出現,連G3也不是其對手時,神秘的金色幪面超人亞極陀登場,這個幪面超人是一位失憶的青年津上翔一變身,起初因未能控制而襲擊G3。 翔一暫住在美杉義彥的家,認識了擁有超能力的風谷真魚,真魚更幫助翔一四出尋找他失去的記憶,並遇上葦原涼。涼在父親的遺物中,發現一本記事薄,當中提及之姓名卻無人知曉,查探父親死因後,竟發現自己是另一個幪面超人-磯烙使。磯烙使是不完整的亞極陀,所以當涼變身磯烙使後會出現後遺証。有次他相當危險,幸得因超古代文明遺傳因子而誕生的青年所救。之後出現的未確認生命體也相繼被翔一,涼以及誠所打敗。 後來,涼誤會女朋友是被亞極陀所殺,造成磯烙使與亞極陀對峙的局面。又因亞極陀多次拯救G3,G3加入戰團對付磯烙使。可惜G3聯手亞極陀未敵磯烙使,警方有見及此更厲害的武器-G3-X。在G3-X和亞極陀合作下,未確認生命體雖然愈來愈厲害,但也被擊倒。 第三個幪面超人是由木野薰變身,他雖然會優先對付未確認生命體,但亦會對付磯烙使和亞極陀,因他認為世上有他就夠了。後來他被強化了的磯烙使所敗,又被涼所救而作出改變。 原來謎的青年是遠古使用闇力量的創造主,他今次派出水的精靈對付三個幪面超人及G3,起初四人不敵,但翔一打破恐懼,令亞極陀的力量再上一層,再合四人之力,將他打敗。 在警方和真魚的調查下發現翔一的姐姐木雪菜也曾經變成亞極陀,而其他擁有超能力的人最終也會變成亞極陀,真魚更發現她的父親的死和亞極陀有關而疏離翔一。這時闇的創造主親自出擊,要收回翔一等的力量。更決定殺盡所有人類,以免有更多的亞極陀誕生。他派出風、地、水三精靈,翔一、涼和誠的最後一戰在此展開。
雾岛透(细谷佳正 配音)是樱树组的二把手,在他的人生中,解决问题的方式只有一个,那就是通过暴力。因此,雾岛也被人称为“樱树组的恶魔”。某一日,雾岛接受了一个非常特殊的任务——照顾组长的独生女樱树八重花(和多田美咲 配音),很显然,这个任务和雾岛曾经完成的那些任务不同,绝对不可以靠暴力去解决。 就这样,人见人怕的雾岛成为了八重花的贴身管家。八重花是一个性格十分内向腼腆的女孩,刚开始,她见到凶神恶煞的雾岛感到十分的害怕,但随着时间的推移,雾岛所展现出来的温柔的一面让她对这个男人逐渐产生了依赖。而八重花的存在也让雾岛找到了人生新的意义。