在参拜母亲坟墓的回程中,真嗣(绪方惠美配音)和川上隆(宫村洋子配音)遭到了第七使徒的袭击。在关键时刻,第二架飞机被强大的力量击败,真嗣也遇到了第二架机器的操作员Shibo Akira Langley(由宫村洋子配音)。在同伴的眼中,瓜生新吾(水岛大宙 配音)是一个乐于助人的好好先生,而今年,新吾所就读的各务台私立学园即将和当地有名的结姬私立女子学园合并,而包括新吾在内的数十名学生,则被预先送往女校习惯未来的学习生活。