事实上，由于管理不善和入学率低，龙山高中已经成为一所被嘲笑和遗忘的破旧高中。樱木健次的来访也是为了处理学校的破产申请。然而，Sakuragi Kenji并不愿意仓促行事。他曾经是一名暴徒，他想在日本引起轰动。一个充满激情的想法在他的脑海中萌生：带领龙山高中愚蠢的学生通过日本顶尖大学——东京大学的入学考试。于是，樱木贤二和英语老师井上正子（长谷川惠子饰演）一起开始了这项不可能完成的教学任务。
小智（松本梨花 配音）带着皮卡丘（大谷育江 配音），和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。路上，一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴（钉宫理惠 配音）的少女麦亚丽（中川翔子 配音）。胡巴能够制造出神奇的时空圆环，带领大家在不同的地点来回穿梭。
剧情紧接外传 Battlefield of Pacifist（和平主义者的战场），地球与殖民地的战斗于殖民后196年结束。除五飞外，希洛等四位高达驾驶员决心把高达送往太阳丢弃，然而统一的地球圈再次被人类的欲望所吞噬，战乱再一次燃起。
