14年前,第一架飞机被怀疑是第一种神化形式的觉醒带来了近三次冲击,在世界上引发了前所未有的动荡。之后,前NERV成员,如葛成梅丽(三石琴配音)逃离并建立了Wille,Wille反抗Seele和NERV。
若竹玛丽离开祖母,进入了海边的全寄宿制名门女校就读,在去学校的途中,她看到了一位伫立在鸽群中的少女。原来那位少女是入侵地球的舰队舰长——萩乃。而此时的萩乃已经是学校里人人憧憬的学校干部。
近年来,Yonagi Daisuke(由Kazuki Shingo饰演)在东京的一家文具公司工作。他终于贷款,在繁华的市中心的一套高档公寓里买了自己的房子。