三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守 配音）。意料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，结果遥输给了他。 遥、真琴和渚决定成立游泳部，经过多番努力后，终于招募到了新成员龙崎怜（平川大辅 配音），他们以县大赛冠军为目标，进行紧张的集训。另一方面，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定，要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部，在这个夏天，开始了关于友情与青春的Free!故事。
西暦2017年、世界最大の大規模オンラインゲームとして栄華を誇る『The World R:2』（ザ ワールド リビジョンツー）。そのネットワークが放つ力場に引き寄せられた17歳のある高校生は“ハセヲ”という名のキャラクターを作り、その世界にログインする。しかし、友人から聞いた話と違い、そこはPK行為が認められた殺伐とした雰囲気に満ちていた。ハセヲはすぐにPK行為に遭い、ロスト（ゲーム内での死）してしまう。 ハセヲを蘇生させたのは“オーヴァン”と名いうPCだった。PKに遭った事でこのゲームに不快感を示すハセヲにオーヴァンは「君には“資質”がある」と語る。不可解に感じ、その場を離れるハセヲ。だが、この時からハセヲの前には『The World』での有名プレーヤーが接触してくる様になる。 オーヴァンは『The World』内でも特異な存在として知られており、彼らはそんな彼が目を付けたハセヲに何らかの特殊な能力があるのではと考えたのだ。そんな雰囲気を“ウザい”と感じたハセヲは誰も居ないフィールドで一人レベル上げを空しく続ける。そこへ現れるPKキャラ。圧倒的なレベルの差に再びロストの危機に陥ったハセヲを救ったのは、一人の少女キャラ・志乃であった。志乃はオーヴァンが率いるギルド（プレーヤー集団）「黄昏の旅団」のサブリーダー的存在であり、ハセヲを「黄昏の旅団」へと導くためにやって来たと語る。巨大ギルド「TaN」からの勧誘も受け困惑するハセヲであったが、紆余曲折の末「黄昏の旅団」への入団を選択する。
