经过生死考验的新免武藏(三船敏郎 饰)在僧人泽庵(尾上九郎又兵卫 饰)的举荐下侍奉大名,并更名宫本武藏。为了磨练意志和武艺,他离开等待自己的阿通(八千草薰 饰),四处云游挑战强者。这个世界上有一个秘密组织,它选择将这个世界上无法被法律制裁的邪恶作为恶性肿瘤“清除”,并将其埋在黑暗中,名为“黑标签”。17岁的高中生三申兰作为该组织的一员,在巨大的犯罪面前挺身而出。在动画的世界找到了自己的容身之所、逐渐成长起来的5人,开始面对新的苦恼和试炼。