ゲームと医療で人々を救う平成仮面ライダーシリーズ「仮面ライダーエグゼイド」のVシネマ版3部作の第3弾。劇場版「仮面ライダーエグゼイド トゥルー・エンディング」から2年後の世界を舞台に、悪の根源・檀黎斗が放つ新たな脅威に立ち向かうライダーたちの活躍を描く。新ガシャット「ゴッドマキシマムマイティX」を手にした檀黎斗が仕かける最後のゲーム「ゾンビクロニクル」により、世界中が大パニックに陥ってしまう。強大なパワーを得た黎斗を止めるカギの存在に気付いた貴利矢は、正宗から託された言葉を胸に、たった1人でゲンムに立ち向かう。
前警察局特别犯罪搜查部(SIT)主任Maki Hiko(天野海由纪饰演)因其女性身份和干练直率的风格而遭到同行的弹劾和批评。随后,他被刑事大臣吉原正人(林正人饰演)调到新成立的搜查班紧急案件调查小组。
巨大而神秘的的塔,是三位少年少女的向往,他们约定,建造小型飞机,飞向 塔去一探究竟。 中学三年级佐由理转学到东京。两位少年放弃了制造飞机的打算。浩纪考进东京的高中,拓也继续留在青森的高中就学,彼此在各自的道路上越走越远。 但是,多年后,佐由理在医院中陷入沉睡!这突如其来的病症让三人再次聚在一起。沉睡的病症,与塔的力量有神秘的联系,而塔本身,似乎也成了日本南北开战的据点。 卷入战争与爱情的三人,到底是救佐由理,还是救世界!命运的解答,似乎就在云的那一端,他们曾经约定的地方。