植野裕希(中岛爱配音),曾从东京来到广岛上高中,寄宿在同岛青田(细谷和夫配音)家中,留下一封信后突然失踪。她是不再喜欢青大了,还是她有了另一个秘密?为了找到答案并了解Yuki的真实想法,青大离开了家乡广岛,前往东京,前往Yuki所在的小镇。
然而,在炼金术方面拥有极高天赋的爱德华(罗米·帕克配音)和阿方斯(奈宫丽姬配音)兄弟,由于对母亲的极度思念,不惜触犯禁忌。最终的代价是爱德华失去了一只胳膊和一条腿,他的兄弟阿尔方斯只能把他的灵魂附在一件巨大的盔甲上。两兄弟最终明白了一切,为了恢复并寻求更多的炼金术知识,他们成为了国家炼金术师,并踏上了寻找终极炼金术物品——哲人石的旅程。通过不断的探索,兄弟俩终于找到了这块哲人石背后的真相,对他们所处的军事化国家有了更深入的了解。此时,面对国家、民族、家庭。。。炼金术的未来在哪里。