某日,双叶幼稚园的孩子们正在船屋里愉快的玩耍,一位名叫美色(三石琴乃 配音)的神秘人物忽然现身,紧接着,一艘巨大的飞船将船屋整个抓了起来,来不及逃跑的风间(真柴摩利 配音)和小新(矢岛晶子 配音)等人和飞船一起消失在了空中。
一句“帮我杀了他”,吉泽成了一个杀人犯。
为了针对异象及时空特异典进行解析及干涉,他们利用被统称为「Grand Order」的禁忌仪式,将术师灵子化之后送回过去,只为阻止人类历史就此中断。 被扭曲的冬木圣杯战争,Saber(阿尔托利亚·潘德拉贡)黑化并杀掉Caster以外的所有从者顺道灭了整个冬木后在大空洞等待Caster的来临。这次战争的Caster为库·丘林,他个人表示如果职阶是Lancer就能秒杀黑Saber,因为主角,玛修和奥尔嘉玛丽的介入,成功停止了这场疯狂的圣杯战争,但Saber和Caster双双消失意味着这场战争没有人获得圣杯。关卡最后消灭了奥尔嘉玛丽灵魂的雷夫加上这次战争的Saber也认识Grand Order,到底是…?