很久以前，那是一个人类向往宇宙、充满探索精神的时代。世界各国在太阳系的各个行星上建造了新的城市，许多人在那里平静地生活。日本新道县之一，建在火星上，被称为“第四东京都”。
影片带有荻上直子特有的简单恬淡叙事风格，令人莞尔的幽默，却多了对生死体悟的况味，在看似平凡的日常生活中，萃取出人与人之间的理解与包容，带来不可思议的疗愈力量。
故事设定在一个身怀魔力的人类濒临灭绝的世界，武力的最高境界从使用利剑，转而到使用魔法，继而变成了使用枪械。就读于培训用以取缔残存魔力威胁的“异端审问官”专业机关——“对魔导学园”的男主角草薙哮，是个完全不会使用枪械，只靠一柄刀与敌人交锋的另类。而他率领的第35试验小队又被称为“杂鱼小队”，顾名思义是由一群劣等生拼凑而成的团队。某一天，拥有“魔女猎人”资格的超精英持枪高手凤樱花，竟然加入了这支队伍。在带领队员动身执行回收魔导遗产的任务中，一场学园动作奇幻大作就此开始。
