与沉默寡言的Ayanami(由Hyumi Lin配音)不同,Akira自信,甚至有些傲慢。在和真嗣在一起的那段时间里,她开了很多关于彼此的玩笑。他们分别驾驶零号、一号和二号飞机,抵抗了第八使徒的猛烈攻击。在这个过程中,一种淡淡的情绪在这三位年轻男女的心中悄然发芽。不久之后,第九和第十使徒相继抵达,真嗣和他的同伴们面临着残酷的生死考验。。。这部电影是新剧场版《福音战士》三部曲的第二部分。
人类居住的“物质世界”和恶魔居住的“虚空世界”原本是两个互不干涉的维度,但由于恶魔依赖物质,它们会干涉物质世界。因此,人类中存在着一位驱魔师,他能驱走恶魔。魔神(撒旦)的孩子奥村彦隐藏了自己的背景,决定成为一名驱魔师。