不知道多久前,世界各地出现了专门猎杀人类的巨人,可怕的天敌的出现最终导致了人类文明的衰落和逆转。为了防止巨人无休止的狩猎,人类建造了三堵高墙来保护自己,仿佛一百年过去了。年轻的艾伦(三浦春马饰演)厌倦了被监禁。为了对抗突然出现的人类敌人“尼禄”,世界各国组成了一支联合军队。但只有拥有特殊魔法的女孩才能对抗她们。由联合部队领导的柏林夺回行动终于开始了,第501联合作战航空团“对女巫的袭击”再次组建了一支军队。