因突变而产生操作火焰的变种人“燃烧者”,让半个世界被大火烧成焦土,陷入前所未见的惨状。在那之后的30年,当中一群激进份子“疯狂燃烧者”再次对世界发动攻击。
当年的浪漫剑客如今纷纷尘埃落定:弥彦成长为正直善良的剑客;左之助也少却了青春孟浪,变得沧桑;剑心的儿子剑路同样拜入比古清十郎的门下,誓要成为绝世高手,却与父亲分外隔膜;剑心接受政府的任务赶赴大陆战场,为了赎回前半生的罪过而疲于奔命,逆刃刀从此封存,家中只留下病弱的阿薰苦苦等待。 这不再是关于明治剑客的浪漫谭,这是一个英雄迟暮的哀婉诗篇……
在路上,亚玛利用机会装死和其他六个女囚逃狱成功。逃出的七个女子,都是因为男人而犯下罪行,当三个游客先奸后杀了一个女犯后,她们挟持了一车游客试图逃出警察的追捕。亚玛被敌视她的女囚们出卖,再次被捕。亚玛也对她们进行了报复,使警察乱枪齐发,三个人质和女囚们都被杀死。典狱长要手下私下解决了亚玛,反被亚玛抓住机会逃了出来。典狱长升了官,但他还是没有逃出亚玛的复仇之手,被亚玛截杀在路上。