之后,一个神秘的环保组织SKBE掳走了小新一家人,而为首的,竟然是双叶里的里长四膳守(山寺宏一 配音)。原来,四膳首是一位激进的环保主义着,妄图通过一种神秘的药物将破坏环境的人类全部都变成动物,而小新捡到的神秘液体就是还尚处于测试阶段的药物,四膳守准备将美伢和广志当做实验对象进行研究。在神秘女子维多利亚(后藤邑子 配音)的帮助下,小新一行人成功出逃,他们和春日部防卫队一起,决心破解四膳守的阴谋。
眨眼间,他们就进入了高二,校园里弥漫着卑劣的青春气息。一郎一郎(由广石一郎配音)换了一个新发型,而谷森坦信(由赤崎千吉配音)发誓要统治校园。Hayao Takashi(由Kane Uzaka配音)和Asen之间的爱恨之战仍在继续,5月7日,成为三年级“失踪学生”的Anise(由浅仓由美配音)继续感到寒冷。在美丽的季节,好朋友再次相聚,可爱、有趣、浪漫、感人的故事不断上演
转校来到学生、老师、甚至连学园长都是个性派的私立龙鸣馆的卫素奈绪。虽然对不习惯的学园生活有些不知所措,但为了喜欢的话剧,为建立话剧部而来到学生会室,这里却是学生会长雾夜艾利卡一手掌握大权的女王政治的中心。