《光之心》的故事开始于一天，男主人公里克在温达里亚岛海岸发现了一个名叫惠叶的神秘女孩。后来，她发现自己的记忆和情绪已经丧失，通过与岛上居民的精神交流，慧叶逐渐恢复了自己的情绪。
曾经，一场可怕而又残酷的战争使整个大陆满目疮痍生灵涂炭，这场战争亦使“恶魔契约”成为了禁忌的代名词，从此成为历史，被封印在了滚滚的时间洪流之中。
三桥贵枝利用转学的机会，决定在新学校成为一名不良少年。为了在同学中获得存在感，他甚至去美发沙龙做了一头金色的卷发。和他转学到同一所学校的伊藤也有同样的想法。开学第一天，伊藤和三桥就发现了对方的秘密，于是结成了联盟。
