故事的时代背景是现在的人类衰退之后经过了好几个世纪，人类因为不明原因而导致出生率严重下降，未来人类的人口 大幅锐减，不要说发展，连文明的传承都没有办法了，人类正慢慢地退出历史的舞台。而取代人类出现在地球上的则是一种很像童话故事中才会出现的不明生物妖精。妖精的平均身高只有10公分，三头身的妖精们却拥有高度的智慧，而且非常喜欢吃糖果点心。作为最后一届的毕业生女主角（中原麻衣 配音）毕业之后就回到故乡樟树之里去接续祖父的工作，成为负责斡旋在妖精与人类之间的重要国际公务员“调停官”。虽然如此，由于妖精很少跟人类接触，因此她根本没啥工作可作，因此她想要好好研究妖精的生态。
不得志的日本画家岛村（池部良 饰）在全国各地游历，途中经过一个名为雪国的地方。在当地的温泉旅馆，他邂逅了19岁的三味线女艺人驹子（岸惠子 饰）。驹子美丽清纯，俏皮可爱。岛村感于这个女孩的纯洁，虽心有爱慕，却始终不愿玷污这块美玉。
不知从哪里冒出来，擅长节奏的曹碧主动提出帮助佐藤练习唱歌。经过许多天的相处，草碧逐渐被严肃的萨索所吸引，但他一直被对方因为他而如此努力地学习唱歌所困扰。在合唱团音乐节当天，草比突然控制不住自己的情绪，在正式表演中途跑了出来，佐藤紧张地追了上来。在空无一人的校园里，两人终于向对方确认了自己的意向。夏天即将结束，他们年轻时的诗歌才刚刚开始。《同级生》是由a-1影业制作的剧场版动画，改编自中村美子的同名漫画。
