Wille指示Akira(由Yuko Miyamura配音)和Shinri(由Masayama Sakamoto配音)夺回被封在卫星轨道上的Choku飞船和Hina Shinji(由Keimei Ogata配音),但Shinji被绝对禁止登上Choku飞船。无知的真嗣感受到了周围的敌意,跟随Ayanami(由Hyumi Lin配音)登上了突然入侵的9号航班,回到了千疮百孔的NERV总部。在这里,他意外地与朝思叶心目中的Ayanami重聚。他还从父亲那里得知,他将与漂亮的年轻人石田正久一起驾驶第13架飞机。时隔14年,其间的沧桑和情感纠葛让真嗣不知所措。看似温和的长崎为他揭示了各种不可思议的真相。。。这部电影是长荣新剧场版三部曲的第三部。
根岛由佳吏(逢坂良太 配音)是一名十五岁的少年,无论是性格还是样貌都非常普通的他内心隐藏了一个秘密,那就是他从小学期就默默的喜欢着名叫高崎美咲(花泽香菜 配音)的少女,然而,这份爱恋在这个扭曲的社会里却是违法的。 真田莉莉奈(牧野由衣 配音)是政府分配给根岛由佳吏的完美女友,然而,当她得知了根岛和美咲之间的感情后,决定帮他们隐瞒秘密,全力的支持这份美好而又纯洁的恋情。
正当一切事情风平浪静的时候,却被一个神秘人揭露了代唱的秘密。巨额的违约金和社会的众多舆论,将胡历逼上绝路。这时孔却的对手纪鹤天的出现改变了胡历悲惨的命运。在自己的努力和朋友的帮助下,最终胡历勇敢地站上了舞台,重拾回自己的梦想。然而这美好的一幕背后却隐藏更大的阴谋……