小新的失踪令美伢(楢桥美纪 配音)和广志(藤原启治 配音)感到十分焦急,就在此时,一名代号肌肉(玄田哲章 配音)的男子出现在了两人的身边,很显然,肌肉知道小新的下落和整件事情的来龙去脉,但肌肉并不愿意带着美伢和广志去寻找小新。追寻着细微的线索,美伢和广志得知小新身在香港,两人前往香港,在那里又遇见了肌肉,一行人前往神秘组织“猪蹄组”的老巢。
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但因为药剂有副作用,也因此造成20亿人的发病,间而诞生「嗜血种」这样的新生命体。之后,“嗜血种”与人类之间的战争爆发, 虽然最后以人类方的胜利收场,但是残留下来的嗜血种却还是存在于这个世界上….。最终,人类凭着人造血液及被称为“D-GPS”的嗜血种管理系统,来保障嗜血种的生存权利。 这个故事,是在人类与嗜血种共存为日常生活的舞台上进行的。