在一列从东京开往大阪的特快列车上,坐着一位尊贵而特殊的客人。她是来自欧洲英格拉姆帝国女王莎莉贝丝,随行的还有其年幼的儿子菲利浦王子。女王拥有一颗欧洲最大的宝石——水晶之母,这也引起了怪盗基德的注意。在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间,巨大的墙壁突然出现!故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分,并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。