在很久以后的未来，地面已经被污染到无法生存的程度，人类开始朝地底开发，并创造人工生命体代为劳动，没想到人工生命体反抗了人类接管了地底世界，而因为过度污染与新型态的病毒感染，原已所剩无几的人类又减损了近30%的人口，此时的人类以基因改造获得了长生，相对的也面对了自此失去生育能力的窘境，创造新生命成为人类世界复苏的关键。为了找寻失落的基因密码──“繁衍”，人类望向了曾经开发的地底世界开启了探索任务，同时因学生人数骤减而被舞蹈教室裁员的碰太，参加了地底任务的征选成为了被派往地底的英雄，只身前往充满未知恐惧的地底世界，惊人的地底探险就此开始……
在新的一年里，小新一家决定离开他们居住多年的地方，前往墨西哥。在新的国家里，小新一家遇到了许多新奇的人和事，还遭到了仙人掌怪物的袭击。小新不得不肩负起保护家人的重任。
