从小就不同于普通人的平崎一护(藤仓太饰演),机缘巧合之下遇到了女死神“腐木露琪雅”(杉崎花饰演)。露西娅是灵魂收割者之一,她将灵魂从现实世界引导到尸魂王国。他们一直在与这些怪物战斗,以保护人类免受“虚空”的伤害。
战国时期著名人物之间的战争。由于战争旷日持久,室町幕府逐渐衰落,世界进入了战国时期的秘密领域,血债和血偿在那里备受尊崇。在蓟枝王国茂密的森林深处,有一个枪炮群,军旗徽为“八枝乌”。他们以雇佣兵的身份谋生,在战场上驰骋,他们的名字叫“扎和忠”。
14年前,第一架飞机被怀疑是第一种神化形式的觉醒带来了近三次冲击,在世界上引发了前所未有的动荡。之后,前NERV成员,如葛成梅丽(三石琴配音)逃离并建立了Wille,Wille反抗Seele和NERV。