几个月内，有一系列失踪妇女在夜间返回，其中包括妓女、学生和其他人。没有人知道他们被杀害，他们的尸体被肢解，他们的生殖器被切掉，甚至被拍下来欣赏。也许当他们登上出租车时，还没有发现那个英俊的司机李德仁就是那个女屠夫。
在幕末的动乱时期，在这个危机的时代，开国论者草加十马（三木真一郎 配音）和德川幕府的幕臣秋月景一郎（森川智之 配音）相遇了。二人一相遇便互生好感。草加更是对秋月的理念赞赏有加，而秋月则欣赏草加的开明和前瞻性。
由于童年的悲惨遭遇，直枝理树（堀江由衣 配音）的个性变得十分孤僻。长着一张娃娃脸，沉默寡言，没有朋友，这样的理树成为了大家眼里的怪胎。某一日，性格傲娇爱猫如命的枣铃（民安智惠 配音），正直开朗稳重可靠的枣恭介（绿川光 配音），四肢发达头脑简单的井之原真人（神奈延年 配音），成熟勇敢剑术一流的宫泽谦吾（织田优成 配音）四人出现在了绝望的理树面前。他们自称“Little Busters”，想要利用理树的力量来完成拯救世界的重任。 就这样，理树成为了LB中的一份子，整日奔波解决一些说来宏大但其实十分平凡的委托。在相处的过程中，本来行为举止十分怪异的同伴们渐渐的变得可爱起来，理树也逐渐敞开了紧闭的心门，找回了久违的快乐。他开始明白，只要有一颗开朗向上的心，这样的生活一定能够继续下去直到永远。
