为了继承父亲小野久郎（也由小山里配音）的遗嘱，高中生小野研吾（由樱井高弘配音）进入贵族学校的深流学院学习如何成为一名合格的校长。而且，在接下来的两年里，研吾还必须在学院里找到一个可以托付一生的婚姻伴侣。
司馬博士殺される原因となったのは、彼が発掘した銅鐸が、敵の古代帝国である邪魔台国の重要な秘密を握っていたためだ。それが今、司馬宙の体内に埋め込まれている。その銅鐸を奪うために、古代よりの侵略者、女王ヒミカとその配下たちが操るハニワ幻人が襲来する。卯月美和の乗るビッグシューターから射出されるジーグのパーツと、頭部に変形する宙が合体、鋼鉄ジーグとなって磁力を駆使した戦闘用オプションパーツを使いハニワ幻人を倒し、ヒミカの野望を打ち砕く！
