故事围绕着世界上最强的武器——无限Stratos展开,这种武器只能由女性使用。在一个女尊女卑的世界里,主人公“一山编织者”虽然是男性,但却能够操纵is。因此,他被迫进入培训is操作员的学校“is学院”。
故事发生在一个叫伊奥鲁夫的城市,在那里出生的人有无限的寿命,但他们的外表将固定在15岁。玛西娅(石川配音)就是这样一个土生土长的伊奥鲁夫女孩。一天,为了夺取永生之血,梅萨蒂军队乘坐一只古老的神兽对伊奥鲁夫发动了空袭,造成了重大损失。
某日,小新(矢岛晶子 配音)在河堤上捡到了一瓶神秘的液体,把它带回家放在了冰箱里。哪知道美伢(楢桥美纪 配音)和广志(藤原启治 配音)在无意之中将其喝下,隔天竟然变异成为了动物。