“这世界真是糟透了。”脱离工薪族变成尼特的盛冈森子,为了追求充实的生活而出发前往网络世界。她到达的地方,是网络游戏——通称“网游”。在网游世界中,以有着一头柔顺头发的爽朗帅哥“林”的身份开始新生活的森子。
美绪介绍下,他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦(森谷帝二的弟子,第一弹《引爆摩天楼》中,森谷曾向新一挑战)、天才程序员原。期间灰原的举动异常。 大木提前入住B塔被害,目暮警官着手调查发现他与美绪似有不同寻常关系,不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片,两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织,并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时他找到灰原举动异常的原因,却发现她正被人追踪。而园子玩笑弄的发式令她像极了雪莉(灰原)。 开幕酒会上,美绪向宾客展示如月最为宝贵的富士山画作时被杀,死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图,她的身下也有一个小酒杯,不过却是完好的。地上一颗原本该呆在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接,A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻,柯南注意到正有一支枪瞄准园子,心中给出了所有疑问的答案,但他及小兰等人最迫切需要解决的却是如何从火海逃脱。
頂級教室爭奪戰即將開打,召喚獸現身吧! 「我不要這種教室啦!」──笨蛋明久的喊叫聲響遍校園。這裡就是以嚴格分班制度聞名的文月學園。在A段班教室,有完善的冷暖空調及可調式座椅供優秀的精英們使用;而明久所分配到的放牛班教室裡,只有破舊飯桌跟爛掉的榻榻米。為了心儀已久的元氣少女瑞希,明久慫恿班長雄二展開一場激烈的組別戰爭。一場使用學園開發的試驗召喚獸,爭奪頂級教室使用權的危險賭注就要開始啦!