三年前太空飞船猎户号坠毁学园都市,由此引发了严重的惨剧,而该事件也促成宇宙电梯恩底弥翁(Endymion)的建设。在恩底弥翁接近完工的前夕,上条当麻(阿部敦 配音)和茵蒂克丝(井口裕香 配音)揭示了热爱歌唱的少女鸣护亚丽莎。庞大的统一组织“ACCA”存在于一个被划分为13个自治区的王国中。由于过去的政变危机而成立的ACCA一百年来一直在持续维护人民的和平。ACCA总部监督部副主任吉恩·奥塔斯是该组织中最难对付的人,因此获得了“吸烟者吉恩”的绰号。