《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历，人类正式开始进出宇宙2世纪，但因为2次大型陨石的坠下，人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年，第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。
另一方面，长相出众、到哪里都受到欢迎、却同属不可思议系的齐藤姐弟，一个是“看起来是大美人实际上是怪咖”的姐姐真子（茅野爱衣 配音），一个是极受女孩甚至男孩欢迎的无口型少年弟弟真央（石川界人 配音）。每集5分钟的长度，带来两对性格迥异的姐弟超青春爆笑日常故事。 本动画改编自漫画家慎本真的同名四格漫画。
独行杀手剑琢磨（千葉真一 饰）得到最新任务，他故意犯罪进入警察局，在众目睽睽之下杀害一名嫌疑犯，随后又成功杀害另一名携带金佛的外国人。他的大胆举动以及出色身手引起了警员山上七郎（島直樹 饰）的注意，他继续调查的想法未得到上层支持，于是辞职展开独立调查，并从师傅正武馆馆长政冈宪道（鈴木正文 饰）了解到琢磨的来历。 指示剑琢磨完成两宗命案的幕后黑手为龙虎殿堂主太田黑（田中浩 饰），他表面经营亚洲综合格斗中心，暗中从事非法活动。他邀请正武馆参与综合格斗中心的建设，在遭到拒绝后，太田黑转而要求琢磨杀害政纲。琢磨不愿谋害这位良师益友，他与太田黑正式决裂，于是不得不去应付来自各个流派、身怀绝技的杀手，更要面对他的宿敌志坚原楯城（石橋雅史 饰）……
