漂浮在东京湾上的人工岛被称为“远东法外特别区”,俗称“24区”。虽然在这个岛上长大的向太、兰和昂辉有着不同的家庭、爱好和性格,但他们是形影不离的朋友。然而,由于某种情况,他们的关系发生了重大变化。
为了防止犯罪团伙报复他,信义决定匿名并秘密追捕他们,希望能获得解药。有一天,新一的女友Maurilan来到阿里医生家,寻找她男朋友的下落。被小兰抓住的新一很快编造了自己的名字江户川柯南,然后柯南就和小兰在一起了。小兰的父亲森小五郎是一名私家侦探。新一可以利用他出去和他一起调查夜人的下落。柯南在小学时遇到了布美等小学生,他们一起组织了一支青年侦探队,向罪犯宣战!
当然,将由各文化会的会长们带领学生总动员,倾尽全力将这次最后的文化祭导向成功。